Lễ bốc thăm vòng loại của Giải bóng đá vô địch U19 quốc gia 2021 được diễn ra vào ngày 6 tháng 1 năm 2021 tại trụ sở VFF.[2]

• Bảng A: Viettel, Thanh Hoá, Nam Định, Hà Nội, PVF, Công An Nhân dân
• Bảng B: Kon Tum, SHB Đà Nẵng, Sông Lam Nghệ An, Thừa Thiên Huế, Học viện Nutifood
• Bảng C: Hoàng Anh Gia Lai, Quảng Nam, Thành phố Hồ Chí Minh, Phú Yên, Bình Định, Đắk Lắk
• Bảng D: Khánh Hoà, Bến Tre, B.Bình Dương, Sài Gòn, Đồng Nai
• Bảng E: Bình Phước, An Giang, Cần Thơ, Đồng Tháp, Long An, Tiền Giang.